故事接第一季剧情，围绕主人公鸿烈、黎祁、鸡鸣、狗跳一行四人进入淮南子世界寻找爷爷的主线展开。在神奇的淮南子世界中，主人公见证了治水的大禹用仁爱之心平息部落间的纷争，帮助努力奋进的赛车手尹需实现梦想，与嫦娥、后羿并肩战斗消灭危害人间的火鸟，和幻化成人形的影子成为朋友，表演俳优戏、学做锻钩、看到沧海桑田的变化……一段段传奇经历使鸿烈和他的朋友们懂得了人与自然、人与人和谐相处的真谛。

2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。

2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。

因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persoa能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。

身为游戏迷的主人公穿越到一个奇特的玄幻世界里，这里有各种帮派和宗门，有各种玄幻武学和神兵利器，有域外魔兽和最强的神龙，灵妖鬼怪应有尽有，但无论什么宗门，什么大家族少爷，什么帝国皇子，再妖孽的天赋，再强