《锦衣卫之王者归来》以明代为背景展开故事线，融入武侠、权谋、悬疑、爱情等多重元素，生动形象地为观众讲述了大明年间锦衣卫秦风在皇权斗争中遭遇迫害被迫亡命天涯，尔后为兄弟情义和人间正义重回朝堂，与逆臣贼子殊死斗争并取得最终胜利的故事。

锦衣卫总管夏侯追捕转世灵童，灵童意外为叶飞（皇甫无名）所救，皇甫本为锦衣卫，几年前诈死以隐匿。夏侯之义子段十一与皇甫亦敌亦友，欲成为第一杀手，并爱上若碧，因此与皇甫形成竞争关系。为保护灵童，皇甫挚友醉

袁、方、花、石四人会合，一番有惊无险后成功进入鬼街。花道爷戏弄小亭子、调戏袁小棠又撩拨石尧山，贼心大起色胆包天。与此同时，段云带着小公主也吃上了鬼街神奇美食……

明朝末年，新皇帝刚登基就面临皇位危机叛党威胁，他只得微服私访意欲铲除叛党。 叶无忌是一名江湖侠盗，在一个赌场中当叶无忌无意中救下了皇帝，并看到了皇帝对黎民百姓和江山社稷的衷心和苦衷。情急之下，叶无忌临危受命决定拼死保护皇帝，消灭叛党，从而不让叛党涂炭百姓，并保护大明的江山社稷。后来，叶无忌为保护皇帝而深陷叛党大牢，叛党试图拉拢他下水时他宁死不屈，并严词拒绝了叛党。叛党头目闫震见拉拢不成就准备杀害叶无忌，但在就要行刑时，叶无忌的江湖好友杀入大牢救出了叶无忌。最后，叶无忌独自闯入闫震密室，并通过密

叙述的是明万历四十三年凉秋，云贵总督卓仲廉卸任归故乡陕北，途经川陕边境时被劫富济贫的绿林女大盗“玉罗刹”练霓裳劫去大部分财产。随行护送的武当弟子耿绍南，因傲慢不逊被削去左手二指，以示惩戒，练霓裳自此与武当派结怨。百姓反抗政府，下属背叛上级，奸佞出卖国家，反抗与自由的精神交织在一起，就是那个时代的精神。

京城要员接连被杀，朝野上下人心惶惶，而杀人凶器竟是失传已久的镇魂角。锦衣卫指挥使左天罡派沈瑞奉命追查此事，义父赵万里告诉沈瑞，上一任镇魂角主人覃远程是自己的义兄，二十年前就已经历了灭门惨案。此时镇魂角

“锦衣卫”为明皇帝直接管辖之特务机关，负责巡察缉捕乱党。时英宗昏庸无能，大权落入宦官王振之手，他操纵锦衣卫，利用它诛杀异己，残害忠良。锦衣卫统领赵不凡，却是一心保国卫民的忠臣，在连续几次暗杀行动中，义释忠良。在王振的威胁下，身为锦衣卫总管的赵父无奈被迫追杀亲儿子。

明朝末年，皇帝昏庸，曾保家卫国屡建功勋的锦衣卫被奸佞利用，沦为暗杀工具，令世人闻风丧胆。因谋权篡位而被施以刖刑的庆亲王（洪金宝 饰）虽被流放塞北多年，然野心不死，暗中勾结大太监贾精忠（罗家英 饰）

天启元年，沈问来到济南府，碰见地痞强卖假的六合兽符，沈问轻松解决了地痞，因此得到万家银楼掌柜万时笙赏识。于是沈问平日里便在万家银楼打工，沈问帮万时笙出门买点心，不小心卷入了锦衣卫和闻香教的六合兽符争夺中。沈问来济南府的目的也是为了六合兽符，于是他巧施妙计，从两方人手里夺得兽符，但也因此被锦衣卫总旗沐思卿盯上。

幽火船诡火杀人惊现刺桐港，绝世宝藏引江湖齐聚桐花客栈，赤焰卫秦鹄少年意气大战鼎剑三少，名动天下，为查清诡火杀人案的真相，秦鹄需要先找到传说中的药王传人——惊鸿公子……